واستمرّ في سياق التأليف حتّى عام 1357 ش حيث ألّف أيّام إقامته في النجف الأشرف آخر كتاب له « الخلل في الصلاة » وهو أيضاً من أصعب المباحث المطروحة في الفقه . ففي مجال العرفان ، ألّف باللغة العربية : « شرح دعاء السحر » و « التعليقة على الفوائد الرضوية » و « مصباح الهداية إلى الخلافة والولاية » و « التعليقة على شرح فصوص الحكم ومصباح الانس » . وفي الأبحاث الأخلاقية والعرفانية وباللغة الفارسية : « سرّ الصلاة » و « آداب الصلاة » و « شرح چهل حديث » و « شرح حديث جنود عقل وجهل » . وفي علم أصول الفقه ، ألّف أسفاراً قيّمة كما يلي : « مناهج الوصول إلى علم الأصول » و « الطلب والإرادة » و « أنوار الهداية في التعليقة على الكفاية » و « بدائع الدرر في قاعدة لا ضرر » و « الاستصحاب » و « التعادل والترجيح » و « الاجتهاد والتقليد » ؛ وكذا « لمحات الأصول » التي هي تقريراته من إفادات السيّد البروجردي لمحاضرات ألقاها في خارج الأصول . وفي إطار الفقه الفتوائي ، صنّف باللغة العربية : « التعليقة على وسيلة النجاة » و « التعليقة على العروة الوثقى » و « تحرير الوسيلة » و « مناسك الحجّ » . وباللغة الفارسية : « حاشية بر رساله ارث ملاهاشم خراساني » و « حاشية بر توضيح المسائل آيت اللَّه بروجردي » و « نجاة العباد » و « توضيح المسائل » و « مناسك حج » . وفي الفقه الاستدلالي : « كتاب الطهارة » و « المكاسب المحرّمة » و « كتاب البيع » و « الخلل في الصلاة » . وخلال هذه الكتب ، قد ألّف سماحته « ولايت فقيه » بالفارسية وعدّة رسائل فقهية